La science collaborative à l’assaut du coronavirus

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L’appel a été lancé sur Internet dimanche 1 L’initiative OpenCovid19 veut pallier, grâce à une collaboration internationale libre et communautaire, la pénurie de tests à travers le monde.

Ils se réuniront pour la deuxième fois en visioconférence ce mercredi soir, afin de poursuivre la discussion sur la meilleure manière de produire un test de détection du Covid-19 en open source (l'accès au code source est libre). « On a commencé il y a une semaine, dimanche soir, et aujourd’hui [lundi 9 mars, ndlr], déjà soixante-dix personnes de tous les continents participent, se félicite et s’étonne Thomas Landrain. On a eu un nombre de réponses beaucoup plus élevé que je ne l’imaginais. »

Ancien chercheur en biologie synthétique, fondateur du premier « bio-hackerspace » français (c’est-à-dire un espace de biologie collaborative), La Paillasse, Thomas Landrain est familier de ces processus collaboratifs. C’est l’ONG qu’il a fondée, JOGL (Just One Giant Lab), « laboratoire de recherche et d’innovation fonctionnant comme une plate-forme de mobilisation massive », qui sert de support à ce nouveau projet, l’initiative OpenCovid19. Celle-ci est née pour ainsi dire spontanément, « face à une crise d’une telle ampleur que les autorités sont pas en mesure de fournir des tests à tout le monde », ni ici, ni « aux États-Unis qui sont dans une crise monumentale », et encore moins « dans les pays en développement ». Objectif : créer un ou plusieurs « tests adaptés à différents cas de figure dans le monde » en facilitant la démarche de recherche et développement.

Aux États-Unis, des experts ont critiqué les retards à l’allumage : des critères plus larges pour la détection, ainsi que des tests plus diversifiés, « auraient pu aider à identifier les premiers cas aux États-Unis et à contenir le virus », a indiqué Michelle Mello, de l’université de Stanford, coauteure d’une étude publiée lundi dans le Journal of the American Medical Association, réalisée par des épidémiologistes des universités Johns Hopkins et Stanford.

En France, le ministre de la santé, Olivier Véran, a autorisé, par un arrêté publié dimanche au Journal officiel, les laboratoires de ville à tester les patients. Actuellement, plus de mille tests sont réalisés par jour, selon le ministère, un chiffre dont on peine à comprendre la signification. À l’hôpital Émile-Muller de Mulhouse, on n’est plus en mesure de tester les personnes ayant été en contact avec des patients infectés, affirme le chef des urgences :

Comment va fonctionner la recherche et la mise au point d’un test de détection open source ? Pour l’instant, « tout le monde travaille sur un même carnet Google Doc, toute l’info est partagée. La réflexion et la documentation sont partagées en temps immédiat, et ça change tout. Ce sont des chercheurs, des entrepreneurs, des entreprises elles- mêmes qui souhaitent s’associer, des infirmières, des professionnels de santé qui documentent les bonnes pratiques de recueils d’échantillons par exemple ».

Le projet est copiloté par Zach Mueller depuis Seattle (État de Washington), là où les premiers cas (suivis de décès) ont été détectés. Il a fondé le SoundBioLab, « une communauté d’amateurs et de professionnels passionnés de sciences qui se consacrent à la promotion de l’enseignement scientifique, à l’accès aux biotechnologies et à l’auto-apprentissage ».

Jusqu’à présent, « il y a eu quelques hackathons, mais plus dans une optique épidémiologique, et pas sur le diagnostic », a constaté Thomas Landrain. Alors que, selon lui, « on n’est pas dans une complexité scientifique » insurmontable.

« On veut faciliter la démarche de recherche et développement, créer des communs, faciliter le rapprochement d’acteurs qui vont être en mesure de distribuer ou fabriquer ces kits » de détection du virus, précise -t-il. Le projet est héritier de toute la culture du « Do it yourself », (DIY, fais le toi-même), mais, remarque depuis la Suisse la biologiste Rachel Aronoff, « Do it together is a lot more fun than do it yourself » (Faire ensemble est beaucoup plus amusant que faire soi-même).

Les personnes impliquées ont commencé à collecter de l’information et à discuter des objectifs et de l’organisation. La réunion en visioconférence interroge ce qu’il est possible de faire en un mois, puis en deux : pour commencer, récolter et documenter toutes les méthodes de détection du virus, pour qu’elles puissent être comparées. Chercher à savoir « quelles sont les technologies dont les brevets ont expiré, et que l’on peut utiliser ».

Autre question : faut-il un test spécifique au Covid-19, ou un test qui fonctionne pour tous les coronavirus ? « Il faut savoir si l’on veut quelque chose qui pourra être utilisé à une plus large échelle », interroge Zach Mueller.

La question des conditions de sécurité se pose rapidement : il va falloir « comprendre quelles sont les mesures de sécurité qu’il faut installer au cœur même du projet ». Faut-il travailler avec le virus ou seulement son matériel génétique ? Un des participants propose de proscrire tout usage domestique, sauf, « peut-être », celui de se tester soi-même. « Tout un tas de problèmes viennent avec le fait de tester quelqu’un d’autre », indique-t-il.

Quelques jours plus tard, le sujet a décanté. Selon Thomas Landrain : « Les limites sont liées à la manipulation d'échantillons biologiques infectieux d’origine humaine. On est très stricts. On est conseillé par des spécialistes de sécurité sanitaire. C’est très important de savoir ce qu’on peut faire ou pas : des labos communautaires ne vont pas faire de tests sanitaires, ce serait trop risqué, mais plutôt de la veille environnementale, sans contact avec des patients. »

La veille environnementale consiste à détecter la présence du virus non pas sur des personnes, mais à le tracer « pour savoir où se trouve le virus dans les villes, sur quelles surfaces, dans quels types d’endroit ». À Seattle, après le lancement de l’opération, c’est un laboratoire académique qui s’est manifesté : « Ils veulent se concentrer sur cette veille, nous on a la communauté... »

C’est un point très important pour Thomas Landrain, qui veut montrer « qu’une approche communautaire de la science permet de créer du bien public, un engagement vaste et inclusif. Le virus change les habitudes, pour moi ça va profondément bouleverser la manière dont les gens contribuent à la recherche ». Au Bangladesh, un partenaire a fait savoir qu’il avait accès à un laboratoire de sécurité niveau 2, et pourrait être en mesure de tester des kits auprès de patients.

« En une semaine on a structuré une première communauté » et, d’ici deux mois, espère son promoteur, aura été mise au point « une proposition de protocoles, en fonction des niveaux de complexité du test ». Plusieurs institutions académiques se sont également manifestées, des chercheurs ayant accès à des laboratoires, mais aucune autorité publique ou sanitaire.

GÉRALDINE DELACROIX - MEDIAPART